Das Hauptverfahren beginnt mit dem Erlass des Eröffnungsbeschlusses. Im Hauptverfahren wird auf Grundlage der öffentlichen mündlichen Hauptverhandlung (geregelt in den §§ 226 ff. StPO) durch Beweiserhebung und einem anschließenden Urteil über Schuld oder Unschuld und über Strafe oder Freispruch des Täters entschieden.
Hier regelt § 407 AO die Stellung der Finanzbehörde im gerichtlichen Verfahren. Grundsätzlich kann diese beteiligt werden, eine Pflicht zur Beteiligung gibt es aber nicht. Als Vertreter der Finanzbehörde kommen die Beamten der Straf- und Bußgeldstelle in Betracht. Sie werden vor jeder Entscheidung gehört und können die Gesichtspunkte vorbringen, die von ihrem Standpunkt aus für die Entscheidung von Bedeutung sind sowie den Angeklagten, Zeugen und Sachverständige befragen. Ein eigenes Antragsrecht oder gar ein Rechtsmittelrecht steht der Behörde nicht zu. Ermittelnde Steuerfahnder oder Betriebsprüfer treten dagegen als Zeugen auf.
Das Hauptverfahren endet mit einem Urteil, also mit einem Freispruch oder einer Verurteilung des Täters.